Για την εύρυθμη υλοποίηση του έργου, οι εργασίες του χωρίστηκαν σε 4 Ενότητες Εργασιών.
ΕΕ1 – Ανάλυση Απαιτήσεων Χρηστών, Προδιαγραφές και Αρχιτεκτονική Συστήματος
Η ΕΕ1 κατέχει σημαίνοντα ρόλο για την ορθή ολοκλήρωση του έργου σε τεχνικό επίπεδο. Στόχος είναι το τελικό προϊόν να είναι σύμφωνο με τις προδιαγραφές που θα θέσουν οι χρήστες (παθανατόμοι, και φαρμακευτικές εταιρίες), φιλικό προς τον χρήστη, αλλά και να έχουν επιλεγεί οι βέλτιστες τεχνολογίες για την υλοποίησης του. Για την σκιαγράφηση των απαιτήσεων των χρηστών θα διεξαχθεί έρευνα με χρήση ερωτηματολογίων, τα στατιστικά αποτελέσματα των οποίων θα ληφθούν υπόψη για τον τελικό σχεδιασμό του προϊόντος. Η έρευνα αυτή θα διεξαχθεί και στο χώρο της Ελληνικής επικράτειας αλλά και του Ηνωμένου Βασιλείου. Για τον σκοπό αυτό θα υλοποιηθεί ηλεκτρονικό ερωτηματολόγιο ώστε να μην υπάρχει γεωγραφικός περιορισμός. Για τις προδιαγραφές του συστήματος θα διεξαχθεί ενδελεχής έρευνα στις τεχνολογίες που χρησιμοποιούνται σε επίπεδο επεξεργασίας ιστοπαθολογικών εικόνων με σκοπό την επιλογή της βέλτιστης αρχιτεκτονικής.
ΕΕ2. Ανάπτυξη Λογισμικού Εντοπισμού Κυτταρικής Διόγκωσης
Η ΕΕ2 αφορά στην κυριότερη εργασία υλοποίησης του έργου. Στο πλαίσιο της ενότητας αυτής θα υλοποιηθεί το αυτόνομο πρωτότυπο σύστημα για τον εντοπισμό διογκωμένων κυττάρων. Το σύστημα θα εντοπίζει αρχικά των παρέγχυμα του ιστού στην εικόνα και θα μετράει την ποσότητα του. Όλα τα ευρήματα στις βιοψίες οι παθανατόμοι τα συγκρίνουν ποσοστιαία σε σχέση με την έκταση του ιστού που υπάρχει στην βιοψία. Στην συνέχεια θα εντοπιστούν κατά σειρά το λίπος που υπάρχει στον ιστό αλλά και οι πυρήνες των ηπατικών κυττάρων. Τα κύτταρα λίπους και τα διογκωμένα κύτταρα παρουσιάζουν πολλές ομοιότητες στην μορφή τους και επομένως είναι σκόπιμο τα κύτταρα λίπους να αφαιρεθούν εξ αρχής από την υπόλοιπη επεξεργασία. Για να διακριθούν τα κύτταρα λίπους θα χρησιμοποιηθεί η τοπική υφή (texture) της εικόνας καθώς παρατηρείται ότι τα διογκωμένα ηπατικά κύτταρα στην εικόνα δεν έχουν τόσο «λεία» υφή σε σχέση με τα κύτταρα λίπους. Στην συνέχεια θα απομονωθούν όλα τα κύτταρα τους παρεγχύματος και θα διαχωριστούν σε φυσιολογικά και σε διογκωμένα. Η έκταση που καταλαμβάνουν τα διογκωμένα κύτταρα, θα υπολογιστεί ποσοστιαία σε σχέση με το μέγεθος του παρεγχύματος με σκοπό να εξαχθεί ένα μέτρο αξιολόγησης. Εναλλακτικά μπορεί να μετρηθεί και ο απόλυτος αριθμός των διογκωμένων κυττάρων σε σχέση με τα φυσιολογικά. Το είδος του μέτρου αξιολόγησης θα οριστεί με ακρίβεια στο πλαίσιο της ΕΕ1.
ΕΕ3. Ενοποίηση Εργαλείων Επεξεργασίας βιοψιών
Η 3η ΕΕ αφορά στην ενοποίηση του εργαλείου με τα δύο ήδη υπάρχοντα εργαλεία για τον εντοπισμό των δομών κολλαγόνου αλλά και των εντοπισμό των λιπωδών ιστών. Στην περίπτωση αυτή ο χρήστης θα πρέπει να κάνει χρήση βιοψιών με δύο διαφορετικές χρώσεις (Serious Red – SR και Αιματοξυλίνης & Ηωσίνης H&E). Η πρώτη χρώση είναι απαραίτητη για τον εντοπισμό των δομών κολλαγόνου. Το γεγονός ότι το εργαλείο για την μέτρηση των διογκωμένων κυττάρων εντοπίζει και αποκλείω τα κύτταρα λίπους ενδεχομένως να μπορεί να ενσωματώσει το ήδη υπάρχον εργαλείο για τον εντοπισμό λίπους. Ωστόσο στην παρούσα φάση το υπάρχον εργαλείο επεξεργάζεται τις βιοψίες σε μικρή μεγέθυνση (2x-4x), και για να μπορέσει να εκτελεστεί σε βιοψίες με την μεγέθυνση που απαιτεί ο εντοπισμός τον διογκωμένων κυττάρων θα χρειαστεί εκ νέου σχεδιασμό. Παράλληλα, είναι πιθανό να χρειαστεί η μετατροπή της τεχνολογίας (π.χ. γλώσσα υλοποίησης) των υπαρχόντων εργαλείων με σκοπό το τελικό λογισμικό που θα προκύψει από το έργο να έχει και τα τεχνικά χαρακτηριστικά αλλά και τις εμπορικές άδειες για να αξιοποιηθεί.
ΕΕ4. Έλεγχος/διαλειτούργικότητα εργαλείου επεξεργασίας βιοψιών
Η αξιοπιστία του ολοκληρωμένου συστήματος θα ελεγχθεί μέσω της πολλαπλής χρήσης του για την μέτρηση των ευρημάτων στο ήπαρ. Σκοπός είναι η εκτεταμένη χρήση το εργαλείου σε εικόνες βιοψιών από διάφορες πηγές. Για παράδειγμα θα μπορούσε να μετρηθούν εικόνες βιοψιών σαρωμένες από διαφορετικά συστήματα σαρωτών. Από την ενασχόληση με το αντικείμενα γνωρίζουμε ότι υπάρχουν δύο βασικά συστήματα σαρωτών που χρησιμοποιούνται ευρέως και υπάρχει πρόσβαση. Ο ένας σαρωτής είναι της εταιρίας Hamamatsu, της οποίας ένα μοντέλο θα εξοπλίσει το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής του ΤΕΙ Ηπείρου. Ο δεύτερος είναι της εταιρίας Leica σε ένα μοντέλο της οποίας υπάρχει πρόσβαση μέσω του ICL. Άλλη διαφοροποίηση στις εικόνες βιοψιών, η οποία ενδέχεται να πλήξει την αξιοπιστία του συστήματος, είναι η διαφορετικότητα στην ποιότητα των χρώσεων που χρησιμοποιεί το κάθε Νοσοκομείο. Γι αυτό το λόγο θα επιχειρηθεί η αξιολόγηση του συστήματος σε βιοψίες από διαφορετικά Νοσοκομεία (πχ. St Marys NHS Trust, Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Ιωαννίνων).